يساهم الهيكل التنظيمي لجامعة كلباء في تحقيق رسالتها وتيسير إدارتها بشكل فاعل وبكفاءة بما يتماشى مع رؤيتها المؤسسية. يشير المخطط التنظيمي إلى العلاقات الهرمية والعلاقات الجانبية بين مختلف الوحدات والأقسام. يتولى رئيس الجامعة التنسيق مع مجلس الأمناء للإشراف على أنشطة التخطيط المؤسسي والإنجازات الرئيسية؛ في حين يشرف مدير الجامعة على تسيير الشؤون اليومية.
